在日本的大学教育体系中，关于本科一到三年级是否一起上课的问题，不能简单地给出一个统一的答案。这取决于多个因素，包括大学的规模、学科专业设置、教学理念和资源分配等。

一些规模较小、专业设置相对集中的大学，可能会在某些基础课程上安排一到三年级的学生一起上课。例如，一些通识教育课程，如大学语文、哲学导论等，可能会面向多个年级开放，以充分利用教学资源和提高教学效率。这样的安排有助于不同年级的学生之间进行交流和思想碰撞，营造出多元化的学习氛围。

在大多数情况下，特别是对于专业课程，一到三年级的学生通常是分开上课的。随着年级的升高，学生对专业知识的掌握和需求逐渐深入和专业化。高年级的课程往往需要建立在低年级课程的基础上，对学生的知识储备和能力要求更高。例如，计算机科学专业，一年级可能侧重于编程语言的基础教学，而二年级会涉及到数据结构和算法，三年级则可能专注于更复杂的系统设计和项目开发。

教学方式和实践环节的差异也会影响课程的安排。低年级的课程可能更多采用大班授课的方式，注重知识的传授；而高年级的课程可能会采用小组讨论、项目实践、实验室研究等形式，以培养学生的实际操作能力和解决问题的能力。这些教学方式的不同也使得一到三年级的学生难以一起上课。

教师的资源和教室的安排也是一个重要的考虑因素。如果教师数量有限，或者教室资源紧张，可能会导致不同年级的学生在某些课程上合并上课。但这种情况往往是出于无奈，而非教学的理想设计。

日本大学本科一到三年级是否一起上课是一个因校而异、因专业而异的问题，需要综合考虑多种因素。