杭锦旗位于伊克昭盟西北部，黄河南岸。东与达拉特旗，东胜、伊金霍洛旗相邻，南与乌审，鄂托克二旗接壤。总面积18, 660平方公里，人口12,6万多，其中蒙古族2,2万，辖锡尼，巴拉贡二镇，2个苏木（乡），8个国营农林场（站），129个嘎查（村），旗人民政府驻锡尼镇，距东胜111公里。
据有关资料记载，本旗地域战国时期为西戎胡人牧地，秦属九原郡地。汉为朔方郡地。五胡十六国时匈奴族所据，北魏为东夏州，北齐北周时废弃。隋属九原郡丰安镇。唐为丰州管辖。宋归西夏，元灭西夏后为云内州地。明天顺年间蒙古族入居，后为鄂尔多斯万户之杭锦部牧地。明嘉靖三十一年（公元1550年）“卫达尔玛据右翼之达拉特、杭锦、墨尔根、巴罕二部”，从此为其后裔领地。清顺治六年（公元1649年）划为鄂尔多斯右翼后旗，直到清末才易名杭锦旗。
“杭锡”系由突厥语“康里”（正音“杭里”）演化而来，意即“车子”，它原是突厥族内部一个势力集团的名称，后为部落名。《史集》称他们“私自造了一些车子，将虏获物载在车上。·····便被称为康里，康里各支出自他们的后裔”，成吉思汗西征时其部分归附蒙古，后渐被同化。
杭锦旗原先旗界北至乌加河，总面积约83, 700余平方里，清末放垦后套（俗称杭盖地），到民国末，其地大部入临河、米仓、狼山三县。其间，今旗界内部分地段也因开垦而归于东胜专员公署桃力民办事处管辖，解放后几经调整始成现状。旧旗辖佐领36个，参领8个，另有3个巴嘎。1951年划为12个区，1956年撤区并乡，置13个农业乡，7个苏木和1个镇。1958年建立14个公社，1961年析置胜利、杭锦淖尔、亚斯图、巴音乌素四个公社；1962年又析置呼和木独，改改召、什拉召三个公社；1966年新置建设公社。1980年将锡尼镇公社改为锡尼镇。1984年公社改为乡、苏木。