司马睿，字景文，河内（河南）温县人，为东晋开国皇帝。其曾祖父为西晋宣帝司马懿，曾祖母为司马懿的伏夫人；其祖父是司马懿的第三子琅邪武王司马伷，其祖母是诸葛诞的长女；其父是琅邪恭王司马觐，其母是征西将军夏侯庄之女夏侯光姬。
西晋武帝咸宁元年（丙申，276年），司马睿出生洛阳。降生之时，有神异之光将室内照得通明；并且长相奇特，额骨中央隆起，左边生有白毛，目光如电，有帝王之相。
西晋惠帝太熙元年（庚戌，290年），其父琅邪恭王司马觐卒，年仅15岁的司马睿依例承袭王爵。
同年四月，晋武帝司马炎驾崩，嫡子司马衷继承皇位，是为晋惠帝。然其鲁愚迟钝，无力驾驭政局。在动荡险恶的政治环境中，处于帝室疏族地位的司马睿无兵无权，为了避免杀身之祸，只得采取恭俭退让方策，尽量不使自己卷入斗争旋涡之中，获得名士嵇康之子、侍中嵇绍的高度评价。在洛阳，司马睿交好的只有出身于北方头等士族的王导，而王氏家族所处的琅邪国亦为司马睿封国。当时，琅牙国在西晋算是大国，并与司马越的东海国相邻。
西晋惠帝永兴元年（甲子，304年）七月，‘八王之乱’进入高潮，东海王司马越等奉晋惠帝司马衷之令，北征盘踞邺城（今河北临漳）的成都王司马颖。不甘束手就擒的司马颖，遣大将石超于荡阴（今河南汤阴县西南），大败帝师。
同年八月初三，恐怕祸及自身的司马睿逃至河阳。时值，津吏见其行色匆匆，疑为逃跑的朝官亲贵，将之阻住，欲加盘查。司马睿的随从宋典从后追至，机智的举起马鞭，指着司马睿笑道：“舍长，官家禁止贵人通过，连你也要被拘查吗？”津吏一听，以为真是一名小小舍长，于是放行过关。就这样，司马睿逃回洛阳，迎其母太妃夏侯氏，回到封国琅邪（今山东胶南县）。
西晋惠帝永兴二年（乙丑，305年），东海王司马越起兵下邳（今江苏睢宁），准备西迎晋惠帝司马衷，于是起用琅邪王司马睿为平东将军，兼领徐州诸军事，留守下邳。受命之后的司马睿邀请王衍从弟、参东海王司马越军事的王导为司马，并且委以重任。
西晋怀帝永嘉元年（丁卯，307年）七月，司马睿又被任为安东将军，都督扬州江南诸军事、假节、镇建业（今江苏南京）。时值，北方局势日益恶化，一些少数民族的贵族军事势力日益壮大。
同年九月，司马睿偕王导渡江前往建业，与他们一起移镇江东的还有大批北方流民，形成一股南迁狂潮。自此，晋室政治中心逐渐南移江东。但是，移镇建业的司马睿由于缺乏威望，吴人对这个王爷根本不予理睬。过了一月，也没人前来拜访，司马睿甚为尴尬失望。王导见此局面，亦很着急，恰值堂兄王敦前来，二人商定利用三月三民间修禊这日，为琅邪王司马睿大肆宣扬一番。
西晋怀帝永嘉二年（戊辰，308年）三月初三，依照民间习俗，男女老幼皆至水边嬉游，以祓不祥。当日，声名卓著的王导、王敦以及许多名流贤达，骑着高头骏马，毕恭毕敬地簇拥着乘坐肩舆的司马睿来到水边，以观修禊。江东世家大族的头面人物纪瞻、顾荣等，见此威严的仪仗十分惊奇，本能的带头拜于道左。
归来之后，王导献计：“现在天下丧乱、九州分裂，大王于江南草创基业，当务之急是网罗人才，顾荣、贺循皆为江东土著大族，应结之以拢人心，如得二人倾心拥戴，其他人自然望风归服。”司马睿从之，遂遣他兄弟去请此二人，于是江南土著地主阶级皆表示拥护。由上可见，司马睿在江南打拼之初，全靠王氏兄弟，因而王导始终居于机枢之地，王敦总是征伐上游，王氏家族近属占据内外之任，布列显要者甚多，导致出现‘王与马共天下’的局面。这种局面在江左维持长达20余年，直至庾氏家族兴起，才使王氏抑制。
西晋怀帝永嘉七年（癸酉，313年）八月，晋愍帝司马邺命司马睿出兵攻打汉赵。此时的司马睿一心经营江南，根本无心北伐，遂以兵力不足推辞。
西晋怀帝建兴四年（丙子，316年），汉赵中山王刘曜久围长安，晋愍帝司马邺在内无粮草、外无援兵的情况下，被迫出降。至此，立国52年的西晋灭亡。
同年，西晋并州（今山西太原）长史李弘据并州降汉赵骠骑大将军石勒；并州刺史刘琨遂奔蓟县（今北京），投靠幽州刺史段匹䃅。
东晋晋王建武元年、成汉武帝玉衡七年、汉赵昭武帝麟嘉二年（丁丑，317年）三月，司马睿闻知长安陷落，在晋朝宗室与南北大族的拥戴下，于建康（为避晋愍帝司马邺名讳，建业更名建康）自立为晋王，定年号‘建武’，史称东晋。
五月，出现日食。
七月，大旱，司、冀、并、青、雍州大蝗，黄河泛滥，漂流数千家。
十一月，再次出现日食。
东晋元帝太兴元年、成汉武帝玉衡八年、汉赵昭文帝光初元年（戊寅，318年）三月，司马邺被害消息传来。当月初十，司马睿称帝，改元‘太兴’，是为晋元帝，据长江中下游以及淮河、珠江流域地区，采纳王导策略，使北方南迁士族拥护自己，东晋政权得以稳定，维持偏安局面。
同年四月，出于感激，晋元帝司马睿任王导为丞相，称之‘仲父’，比作‘萧何’；又加王敦 为江州牧。时值，王导常劝司马睿克己勤俭，优待南方，与人为善。就这样，司马睿与王导在草创之际，上演了一场君臣相敬互爱的佳话，琅邪王家亦达到权势高峰，除了王导担任丞相、王敦控制长江中游军权之外，朝野官员四分之三为王家人或与王家有关之人。于是，王家在南朝时期，出了8位皇后。
七月，汉赵昭武帝刘聪患疾，以太宰刘景、大司马刘骥、太师刘顗、太傅朱纪、太保呼延晏，并录尚书；又命范隆为守尚书令、仪同三司，靳准为大司空，二人皆决尚书奏事，以作辅政大臣。当月十九日，在位9年的汉赵昭武帝刘聪崩，谥曰‘昭武皇帝’，庙号‘烈宗’，葬于宣光陵。其子刘粲继位，是为汉赵隐帝，尊刘聪的皇后靳氏为太后，樊氏为弘道皇后，武氏为弘德皇后，王氏为弘孝皇后；册封妻子靳氏为皇后，儿子刘元公为太子。
此时，靳太后等年龄皆不到20，并且十分漂亮，刘粲遂与她们淫乱，整日沉湎酒色、耽于游乐，将国事全权委托大司空、司隶校尉靳准。然而，心怀异志的靳准私下对刘粲说：“听说诸位公卿准备像商代伊尹、汉代霍光那样摄政，杀太保呼延晏与我，让济南王、大司马刘骥统领万机，陛下应当早作准备。”刘粲没有听从，靳准又向皇太后靳氏、皇后靳氏诉说此事，并称‘如不平叛，恐怕我们靳氏家族要绝种了’。于是，靳氏二人轮番劝说刘粲，以致太宰、上洛王刘景，太师、昌国公刘顗，大司马、济南王刘骥，大司徒、齐王刘劢等，皆被收捕、处死，太傅朱纪、太尉范隆，逃奔长安。
八月，汉赵隐帝刘粲于上林练兵，准备征讨石勒，任命丞相刘曜为相国，总督内外军事，仍然镇守长安；又任靳准为大将军，领尚书事。于是，靳准假称刘粲诏令，让堂弟靳明担任车骑将军、靳康任卫将军。不久，靳准将要发动叛乱，因金紫光禄大夫王延（《晋书》作王延年）年高德望，与之商议。王延不肯依从，驰马欲向刘粲告发，路遇靳康，劫持回来。靳准提前行动，领兵登上光极殿，抓住刘粲，历数罪名杀之，又将刘氏皇族男女，无少长皆斩之；再掘刘渊、刘聪陵墓，斩断刘聪尸身，焚毁刘氏宗庙。
十月，汉赵相国刘曜闻乱，自长安发兵讨伐，行至赤壁（今山西河津西北的赤石川），正遇从平阳出逃的太保呼延晏、太傅朱纪，他们遂劝刘曜上尊号。于是，刘曜自称赵王，并以朱纪领司徒、呼延晏领司空，范隆等全部官复本位；又命征北刘雅、镇北刘策，进军汾阴。时值，石勒驻守河北，刘曜封其大将军，形成犄角之势，共攻平阳。
十一月，左、右车骑将军乔秦、王腾，卫将军靳康等相与杀死靳准，推尚书令靳明为主，并送传国六玺于刘曜。于是，刘曜遂继汉赵帝位，是为昭文帝。石勒大怒，遣主力急攻平阳，靳明向刘曜求救。刘曜派刘雅、刘策迎接靳明，平阳士女15000人，随之归于刘曜。刘曜捕斩靳氏男女，亦无少长皆斩之。此时，刘曜与石勒已成剑拔弩张之势，因刘曜在关陇立脚不稳，不敢立马与之翻脸，授其为太宰、领大将军、加殊礼，并以河内24郡封之为赵王，如曹操辅汉故事，以此将其稳住，腾出手来对付关陇地区敌对势力。
十二月，刘曜疑石勒图己，斩其来使。石勒大怒：“我事奉刘氏尽心做得比起人臣的本分更有余。他们基业都是我打下的，今日得志竟想谋算于我。赵王、赵帝，我自己亦能给自己，哪用得着他们赐予！”遂叛。
这一年，东晋幽州（北京）刺史段匹䃅亦疑刘琨图己，杀之。
东晋元帝太兴二年、成汉武帝玉衡九年、汉赵昭文帝光初二年、后赵赵王元年（己卯，319年）三月，汉赵昭文帝刘曜迁都长安，修建光世殿、紫光殿，改国号为赵，史称‘前赵’。册封其妃羊献容为皇后，儿子刘熙为太子，其余诸子与宗室皆封王；并以水德承接晋朝金德，崇尚黑色，冒顿配天，刘渊配上帝，大赦境内除犯有重罪之人。时值，关中、陇右一带很多氐、羌等少数民族尚未归化，常与西晋残余联合进攻，给刘曜政权带来严重威胁。
同年十一月，石勒据襄国（今河北邢台），自称赵王，史称‘后赵’（十九国之三）。
东晋元帝太兴三年、成汉武帝玉衡十年、汉赵昭文帝光初三年、后赵赵王二年、前凉成王永元元年（庚辰，320年）六月，汉赵刘曜部下长水校尉尹车，连结巴氐酋长徐库彭反叛，刘曜先杀尹车，又囚徐库彭等50余人，准备全部杀死。光禄大夫游子远叩头固谏赦免，刘曜不从，全部斩首。此举，引起巴、氐民众义愤，奋起反抗，共推巴、氐归善王句渠知为领袖，四山氐、羌、巴、羯30余万，尽皆响应，关中大乱，城门昼闭。刘曜只得以游子远为车骑大将军，都督雍秦诸军事，施行安抚政策。游子远屯军雍城，降者十余万，于是进军安定，反者皆降，只有句渠知宗党5000余家固守阴密，游子远发动攻击，歼灭句氏宗族；随之 引兵陇右，陈安于郊外相迎。
时值，京兆人刘弘客居凉州（今甘肃武威）天梯山，以术惑众，从受道者千余，西平元公张寔左右皆事之；加之帐下阎涉、牙门赵卬，皆为刘弘乡人，所以对他们说：“天与我神玺，应主凉州。”二人信之，密与十余人共谋，杀死张寔，其弟张茂代领其众，称平西公凉州牧，史称‘前凉’（十九国之四）。
这一年，东晋大权在握的王敦政治野心与日俱增，逐渐威胁朝廷。晋元帝司马睿自感危机，遂引戴渊、刘隗为军事统师，各领万人，分驻（安徽）合肥、泗口（今江苏清江西南，泗水入淮水之口），以北讨石勒为名，实则防御王敦。
东晋元帝太兴四年、成汉武帝玉衡十一年、汉赵昭文帝光初四年、后赵赵王三年、前凉成王永元二年（辛巳，321年）二月，前凉成王张茂修筑灵钧台，周围有80余城墙，地基有九仞高。武陵人阎曾夜晚敲门叫喊，声称是张茂之父张轨派来，质问儿子为何劳命伤财修，筑此高台。姑臧令辛岩以为阎曾妖术，请求杀之，张茂却说：“我确实劳累百姓，阎曾传述先君之令，怎能说是妖术？”太府主簿马鲂劝谏：“现今世上祸乱未平，只能崇尚道德，不宜兴起劳役，大肆修造雕饰亭台楼榭。连年来，逐渐感到各种事务一日日比以往奢侈，每次修造经营，轻易违反常规制度，实在不是士人百姓对明公所期望的。”张茂承认过错，下令停止修造劳役。
同年三月，日中出现黑子。
五月，终南山崩。
八月，常山崩。
九月，祖逖卒于雍丘，豫州（今安徽亳州）士女若丧父母，遂以其弟祖约为平西将军、豫州刺史，领兄之众。然而，祖约素无御制之才，不为士卒所附。
十二月，凉州刺史张茂命将军韩璞，率众攻取陇西、南安地区。
这一年，后赵中山公石虎（石勒之侄）陷幽州（今北京），掳东晋幽州刺史段匹䃅。
东晋元帝永昌元年、成汉武帝玉衡十二年、汉赵昭文帝光初五年、后赵赵王四年、前凉成王永元三年（壬午，322年）正月，东晋元帝司马睿忌大将军王敦，引用骠骑将军戴渊、镇北将军刘隗、尚书令刁协，与其抗之。王敦自（湖北）武昌起兵声讨，抵（南京）建康石头城下，声称‘奸臣刘隗必须斩首，其头朝悬，诸军夕退。’丞相王导是王敦的堂兄，为了保全王氏家族利益，暗助王敦，使之攻入建康，杀死戴渊、刁协，刘隗逃奔后赵赵王石勒。一败涂地的司马睿，无奈的对王敦说：“你如果想当皇帝，早和我说啊！我把皇位让给你，还当我的琅邪王去，何苦让百姓跟着受苦？”然而这番近似哀求的话语，并未抚平王敦野心。
王敦自封为丞相，都督中外诸军、录尚书事。司马睿征讨王敦之时，曾下诏令‘有杀敦者，封五千户侯。’如今王敦将自己封为武昌郡公，邑万户，无疑是一种示威性的嘲弄。自此，司马睿这个皇帝徒具虚名，朝中之事皆由王敦做主。时值，有个名叫周顗的人，字伯仁，王敦不了解其为人，曾问王导：“周顗是咱们的敌人还是朋友？”王导亦不了解，所以没有给出肯定答复，王敦遂将此人杀了。事后，王导才知王敦起兵进攻建康之时，周顗曾经上书为自己开脱。然而，如今周顗被杀，王导大哭道：“我虽不杀伯仁，伯仁由我而死！”这就是成语【伯仁由我】的典故。
同年二月，司马睿封皇子司马昱为琅邪王。
四月，王敦还师武昌，袭杀梁州（今湖北襄樊）刺史甘卓，遥控朝政。后来，王敦因见太子司马绍有勇有谋，欲以不孝之名废之，因为百官不从，未能如愿。
闰十一月初十，在位5年的晋元帝司马睿驾崩，时年47岁，葬于建平陵（今江苏江宁），谥曰‘元皇帝’，庙号‘中宗’，长子司马绍继承皇位，是为晋明帝。
这一年，汉赵昭文帝刘曜遣其将刘咸据冀城攻韩璞，呼延寔据桑壁攻宁羌护军阴鉴。临洮人翟楷、石琮等，驱逐令长，以县城响应刘曜，河西震动。时值，参军马岌劝前凉成王张茂亲征，长史氾祎怒道：“亡国之人又想干涉大事，可斩马岌以安百姓。”马岌却说：“氾公为读书人糟粕，只会检举批评人的近视之才，不虑国家大计。朝廷政务繁忙几年，现今大贼来到，不劳远方之师，远近人心皆关注本州，形势决定不可不战。就应拿出信勇明证，来符合秦、陇之人期望。”张茂深以为然，出兵驻扎石头。
张茂曾问参军陈珍：“刘曜凭借乘胜之势，掌握三秦之地精锐，多年整治武备，士卒惯战，如以精锐骑兵突然攻克南安，席卷河外，长驱而来，我们何以应对？”陈珍答：“刘曜虽然乘威人多，恩德未行天下，加之关东地区与其离心，内患未除，精锐士卒，多为氐、羌乌合之众，终归不能舍弃关东近处之难不管，增加陇上兵力，旷日持久与我比试高低。如果20日之内不退，我可请求率弱卒数千，便可为您将之擒拿。”张茂遂任陈珍为平虏护军，率1800步骑，救援韩璞。时值，刘曜暗想退兵，反而大造声势，欲攻陇西，然后回兵消灭桑壁。但是，陈珍早就识破其计，招募氐、羌之众，将之击退，并且收复南安。张茂大为嘉赏，拜为折冲将军。