叔宝应命，跃马负枪而进，必刺之万众之中，人马辟易，太宗以是益重之，叔宝亦以此颇自矜尚。——《旧唐书·列传·卷十八》
这是《旧唐书》中秦琼战场勇猛表现的评价。
在唐太宗册立凌烟阁二十四功臣时，胡国公秦琼位于末位，位于卢国公程咬金和鄂国公尉迟恭之后。对于这样一个排位，很多人认为是因为秦琼没有参加玄武门之变。在玄武门之变时，确实不见秦琼的身影，那么他到底去做什么了呢？
玄武门之变时，李世民身边的猛将有尉迟恭，程咬金，侯君集，屈突通，张士贵等人。这些人各个都以一当十，而李建成和李元吉着急入宫，只有两人两骑，陷入秦王重重包围之中。在凌晨天刚蒙蒙亮的时候，李建成和李元吉进入玄武门，才发现了背后的秦王等人。
李元吉搭弓就要射李世民，可惜没有射中，李世民抬弓就是一箭，射死了太子李建成。李元吉仓皇逃走，被尉迟恭追上，用弓箭勒死了李元吉。李建成和李元吉一死，李世民松了一口气，认为天下已经稳入手中。
从上面的记录，确实没有出现秦琼的身影，那么秦琼真的没有参加玄武门之变吗？有人说秦琼虽然是秦王的部将，但是在储君之争中，一直保持着中立。秦琼最受李渊器重，比如美良川之战后，李渊就亲赐秦琼金瓶，在李唐诸将中唯有他一位。
在平定天下后，李渊又加封了秦琼上柱国，又是李唐将士中第一位。有人分析，秦琼感念李渊的欣赏，因此不肯背弃李渊，谋害李渊的儿子们。秦琼选择中立，在许多人看来，是真实的历史。
其实不然，秦琼这时的身份，让他不得不支持秦王。秦琼这时担任了秦王府右三统军，可谓和李世民绑在一起，一荣俱荣，一损俱损。玄武门不见秦琼的身影，并不代表秦琼没有参加玄武门之变，而是他另有大用。
李建成和李元吉被杀后不久，消息传回太子府内，太子府府兵在薛万彻的带领下，准备解救李建成。薛万彻是隋唐猛将，曾经跟随罗艺征战南北，立下赫赫战功。此后，薛万彻投入太子李建成麾下，为李建成效力。
李建成被困玄武门的消息，传回太子府后，薛万彻当即带领太子府兵，赶往玄武门，在记载中：
“建成被诛，万彻率宫兵战于玄武门，鼓噪欲入秦府，将士大惧。”
薛万彻文武双全，一方面派兵攻打玄武门，另一方面派兵进攻秦王府。面对薛万彻这样的猛将，程咬金和尉迟恭都占不到便宜，只得派遣秦王府武力第一的秦琼，前去迎战。秦琼率领天策府将士，同薛万彻展开激战，最终阻挡了薛万彻的进攻。
薛万彻这时还认为李建成还活着，认为只要救出太子，一切还能挽回。李世民命令尉迟恭，割下李建成和李元吉的头颅，展示给薛万彻看。太子府兵一看太子已经被杀，军心涣散，薛万彻率部逃走。
在《旧唐书》关于长孙顺德的记载中：
“武德九年，与秦叔宝等讨建成余党于玄武门。”
这番记载，就是秦琼参加玄武门之变的有力佐证，秦琼参加了玄武门之变，而且立下了大功。尉迟恭和程咬金等人，只是帮助李世民，处置了手无缚鸡之力的李建成和李元吉。而秦琼面对的则是身经百战的薛万彻，面对训练有素的太子府兵的进攻，秦琼浴血拼杀。
此后，李渊将秦王李世民立为太子，把国家的军政大事，全部托付给太子。几个月后，李渊禅位给太子李世民，当太上皇去了。历史正式进入唐太宗时期，唐太宗登基后第一件事，就是论功行赏。
那么这时秦琼被封赏了何等官职呢？在记载中：
“及平隐、巢，功拜左武卫大将军，实封七百户。”
李世民封秦琼为左武卫大将军，而尉迟恭位于秦琼之下，被封为右武卫大将军。后来，秦琼在凌烟阁二十四功臣中位居末位，不是因为他没有参加玄武门之变，而是他英年早逝了。贞观十二年，秦琼因为战伤复发，因病离世。
秦琼的后半生，几乎都在休养中度过，晚年没有参加过战斗。而这时尉迟恭和程咬金，还都在为国奋战，程咬金曾经跟随李世民出征高句丽，讨伐西突厥。尉迟恭这时在镇守鄜州，抵御突厥的进攻，不久后又镇守夏州，浴血拼杀。
可以说，秦琼能够位列凌烟阁二十四功臣，已经是李世民的恩赐了。如果秦琼没有参加玄武门之变，他就不可能位列凌烟阁二十四功臣。李世民感念秦琼在唐朝建立，以及玄武门之变中抵御薛万彻的贡献，才最终将其列入凌烟阁中。