3月28日，抵达大陆次日，中国国民党前主席马英九拜谒南京中山陵——这也是其首次大陆之行的首个公开行程。
据新华社报道，3月28日上午9时许，马英九一行抵达中山陵博爱广场，一路拾级而上，进入祭堂。面对孙中山先生石刻坐像，马英九一行静默肃立。司仪宣布祭祀典礼开始，马英九向坐像敬献花环。
3月28日上午，中国国民党前主席马英九一行拜谒南京中山陵。这是在中山陵祭堂，马英九向孙中山坐像敬献花环。新华社 图
随后，司仪宣读祭文。祭文歌颂了孙中山先生丰功伟绩和高风亮节，并写道：“两岸人民，同属中华，炎黄子孙，振兴民族，共创未来，薪传绵延。九二共识，和平基础。苍生为念，百姓谋福，共同发展，永继无疆。”祭文宣读后，马英九一行集体默哀一分钟。随后，马英九与随行主要成员进入墓室，凭吊孙中山先生棺椁。
在马英九此次大陆之行中，祭祖是一项重要的行程。据广东媒体“直新闻”报道，马英九在3月31日搭乘高铁从武汉赴长沙后，就将参访周南中学，这是马英九的母亲秦厚修的母校；4月1日当天，马英九将到湖南老家湘潭市湘潭县白石镇祭祖，并参访父亲马鹤凌的母校岳云中学。
澎湃新闻（www.thepaper.cn）注意到，马英九多年前撰写的一篇3000余字的祭母文近日再度在网络平台流传开来，文中感情真挚的回忆片段打动了不少网友。
马英九母亲秦厚修1922年出生于湖南长沙宁乡县。2014年5月2日下午6点16分，秦厚修因慢性肺部肿瘤并发呼吸衰竭病逝于台北万芳医院，享年93岁。据岛内媒体报道，时任台湾地区领导人的马英九陪伴母亲度过其人生的最后十余分钟。
“妈妈走了，明天就是母亲节，我们怎么来过生平第一个没有母亲的母亲节啊？”2014年5月10日，母亲秦厚修去世8天后，当时仍请丧假在家的马英九在社交平台Facebook（脸书）上发表了悼文“慈母良师一甲子，永世难报养育恩”。
在这篇悼文中，马英九回顾了母亲的一生、全家人相处点滴以及她与父亲马鹤凌相识相恋的故事。
他回忆起小时候和妈妈晚餐后，母亲教他读《古文观止》的一幕。就在秦厚修患病初期，马英九还背《桃花源记》给母亲听，“背对了，她点头；背错了，她摇头。”没有母亲的母亲节，马英九说他“不敢再碰‘桃花源记’，深怕自己控制不住夺眶而出的泪水”。
“妈妈一直有一个梦，希望有一天，她的子女考上联考的状元，那时记者就会来访问她是如何教育子女，她一直在等这一天。”
悼文中，马英九提到母亲弥留之际时，他紧握着母亲微温的手，吻着她的脸颊，轻声对她说“我们结缘64年，来世再做母子，好不好？”